Trong cuộc diệt Ngô, Tấn Vũ đế ra lệnh cho Vương Tuấn khi đến Kiến Bình sẽ chịu sự chỉ huy của Đỗ Dự, khi đến Mạt Lăng (Kiến Nghiệp) sẽ chịu sự chỉ huy của Vương Hồn.

Khi Đỗ Dự đến Giang Lăng, vốn không có tính đố kỵ nên nói với các tướng sĩ dưới quyền rằng không nên bắt Vương Tuấn dưới quyền chỉ huy của mình, nên để cho ông lập được công phá Ngô. Vì vậy Đỗ Dự gửi thư cho ông nói:

"Ông đã tiêu diệt được Bính Chướng[4] rồi thì nên tiến thẳng đến Mạt Lăng phá giặc Ngô"

Vương Tuấn rất mừng. Khi ông chuẩn bị tới Mạt Lăng thì Vương Hồn cũng đã đánh được cánh trung quân của Đông Ngô, chém được tướng Trương Đễ. Muốn kìm hãm cánh quân Vương Tuấn, Hồn sai sứ bảo ông dừng lại lên bờ để bàn việc quân cơ. Nhưng Vương Tuấn mượn cớ gió to, thuyền không dừng lại được, nhất định không chịu lên bờ, cứ ra lệnh cho quân thẳng tiến vào Mạt Lăng bắt Tôn Hạo.

Vương Hồn tức giận bèn dâng biểu về triều nói ông kháng lệnh chỉ huy, thêu dệt thêm nhiều chuyện vu cáo ông. Các quan chủ quản chuẩn bị cho xe tù bắt Vương Tuấn về kinh, nhưng Tấn Vũ đế không cho, chỉ ra chiếu khiển trách ông:

"Tướng quân Vương Hồn là người suy tính uyên thâm, đã án binh bất động chờ tướng quân tới, sao tướng quân lại tự mình phá địch mà không theo lệnh? Công lao của tướng quân trẫm đã ghi rõ, nhưng tướng quân ỷ vào công lao mà ngang ngược thì trẫm rất khó nói với triều đình".

Vương Tuấn dâng thư biện bạch rằng:

"Ngày 15 thần đến Tam Sơn nhưng ngày 16 chiếu thư yêu cầu thần vâng lệnh Vương Hồn mới tới nơi. Ông ta đưa thư yêu cầu dừng lại bàn bạc nhưng thuỷ quân đã tiến thẳng vào thành địch, không kịp dừng lại bàn bạc. Thần nghĩ rằng việc quân cơ đại sự nếu có lợi cho xã tắc thì dù có chết cũng không sợ hãi, không né tránh."

Vương Hồn tiếp tục dâng thư phỉ báng ông, tố cáo ông để cho cấp dưới phá cung điện của Tôn Hạo. Khi Vương Tuấn về triều, những người cùng phe với Vương Hồn tâu nên xử tội ông, nhưng Tấn Vũ Đế không nghe, phán rằng:

Vương Tuấn nhận chiếu thư tiến thẳng đến Mạt Lăng rồi triều đình mới hạ chiếu cho ông ta chịu sự điều động của Vương Hồn. Chiếu thư đến chậm nên không thể trách tội Vương Tuấn. Dù ông ta có chỗ đáng trách nhưng không thể vì lỗi nhỏ mà xoá bỏ hết công lao.

Vũ Đế bèn phong ông làm Phụ quốc đại tướng quân, Hiệu uý thống lĩnh bộ binh, được cấp 500 cỗ xe lớn, tăng 500 quân cho doanh trại bản bộ của ông, và phong làm Dương Nhưỡng huyện hầu, hưởng lộc vạn hộ.

Vương Tuấn lập công lớn nhưng bị cha con Vương Hồn kèn cựa, trong lòng không vui. Lần nào đến gặp vua, ông cũng trần tình, không kìm được bực dọc. Tấn Vũ đế hiểu tâm trạng ông nên không trách tội. Tần Tú, Mạnh Khang và Lý Mật đều dâng biểu nói rằng Vương Tuấn đối xử bất công. Tấn Vũ đế bèn phong cho ông làm Trấn quân Đại tướng quân, đi có ngựa hầu, thống lĩnh các tướng ở hậu quân. Mỗi khi Vương Hồn có việc cần gặp, ông thường phòng bị chặt chẽ rồi mới ra gặp.

Sau đó triều đình lại phong ông làm Phủ quân Đại tướng quân.

Tháng 12 năm 285, Vương Tuấn qua đời, thọ 80 tuổi, triều đình đặt tên thuỵ cho ông là Vũ. Ông được mai táng ở núi Bạch Cốc.